Le système de la Mary River abrite l'une des plus fortes concentrations de crocodiles marins au monde, estimée à 1 600 individus par kilomètre carré durant les mois de pointe de la saison des pluies.
Les études menées sur la plaine inondable entre 2020 et 2025 ont enregistré des spécimens dépassant six mètres, un seuil de taille atteint par moins de trois pour cent des crocodiles vivants. Les zones humides s'étendent sur 8 000 kilomètres carrés de marécages de niaoulis, de billabongs et de chenaux de marée qui inondent chaque année entre novembre et avril, transformant les zones boisées en un delta intérieur. La garde coutumière aborigène remonte à 65 000 ans, avec des amas coquilliers et de l'art rupestre documentant une occupation continue le long du cours supérieur de la rivière.
Aujourd'hui, la Mary River reste l'un des rares systèmes fluviaux tropicaux non régulés en Australie. Aucune infrastructure de barrage n'interrompt son flux, permettant aux impulsions saisonnières de soutenir des populations d'oies semi-palmées dépassant 2,5 millions d'oiseaux lors des pics de rassemblement. Les croisières dans les zones humides fonctionnent toute l'année, bien que les observations de crocodiles culminent entre mai et octobre, lorsque le retrait de l'eau concentre proies et prédateurs le long des chenaux permanents. Les navires partent des jetées le long de l'Arnhem Highway, accédant aux sections soumises aux marées où les crocodiles marins démontrent des sauts verticaux, un comportement étudié par les herpétologistes depuis les années 1970 et désormais au cœur des expériences de croisière avec crocodiles sauteurs.
Les zones humides soutiennent 236 espèces d'oiseaux enregistrées, dont des grues brolgas, des jabirus et des pygargues blagres. Les forêts de niaoulis bordent la rivière, leur écorce en couches ayant été historiquement récoltée par le peuple Bininj pour la construction d'embarcations et d'abris. Le niveau de l'eau baisse de trois mètres entre la saison des pluies et la saison sèche, exposant des vasières colonisées par des jacanas à crête et des hérons pie. Les voyagistes naviguent avec des bateaux à faible tirant d'eau à travers les billabongs couverts de nénuphars, s'arrêtant sur des sites où les crocodiles régulent leur température corporelle sur les rives exposées. L'interprétation se concentre sur le comportement des prédateurs, l'hydrologie des zones humides et le rôle écologique des reptiles prédateurs au sommet de la chaîne alimentaire dans le cycle des nutriments.
Les itinéraires de croisière dans les zones humides de la Mary River au départ de Darwin combinent généralement l'exploration fluviale avec des arrêts terrestres à la réserve de conservation de Fogg Dam ou au centre d'accueil Window on the Wetlands, offrant tous deux des plates-formes surélevées au-dessus de la canopée de la plaine inondable. La durée des croisières varie de départs express de deux heures à des combinaisons d'une journée complète reliant les cascades de Litchfield et les affluents de l'Adelaide River. La variation saisonnière dicte la visibilité de la faune : les mois de la saison sèche compressent la faune autour des sources d'eau qui rétrécissent, tandis que la dispersion de la saison des pluies réduit la densité des rencontres mais met en valeur l'échelle hydrologique de la plaine inondable.
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