Il sistema del Mary River ospita una delle più alte concentrazioni di coccodrilli marini al mondo: circa 1.600 esemplari per chilometro quadrato durante i mesi di picco della stagione delle piogge.
I rilevamenti condotti nella pianura alluvionale tra il 2020 e il 2025 hanno registrato esemplari che superano i sei metri, una soglia di lunghezza raggiunta da meno del tre percento dei coccodrilli viventi. Le zone umide si estendono per 8.000 chilometri quadrati di paludi di melaleuca, billabong e canali di marea che si allagano ogni anno tra novembre e aprile, trasformando il bosco basso in un delta interno. La custodia aborigena risale a 65.000 anni fa, con cumuli di conchiglie e arte rupestre che documentano un'occupazione continua lungo il corso superiore del fiume.
Oggi il Mary River rimane uno dei pochi sistemi fluviali tropicali non regolamentati in Australia. Nessuna diga ne interrompe il flusso, consentendo agli impulsi stagionali di sostenere popolazioni di oche gazze che superano i 2,5 milioni di esemplari durante i periodi di massima aggregazione. Le crociere nelle zone umide operano tutto l'anno, sebbene gli avvistamenti di coccodrilli raggiungano il picco tra maggio e ottobre, quando il ritiro dell'acqua concentra prede e predatori lungo i canali permanenti. Le imbarcazioni partono dai moli lungo l'Arnhem Highway, accedendo alle sezioni di marea dove i coccodrilli marini mostrano il loro tipico balzo verticale: un comportamento studiato dagli erpetologi fin dagli anni '70 e ora centrale per le esperienze di crociera con coccodrilli saltatori.
Le zone umide ospitano 236 specie di uccelli registrate, tra cui brolga, cicogne jabiru e aquile di mare panciabianca. Le foreste di melaleuca costeggiano il fiume; la loro corteccia stratificata è stata storicamente raccolta dal popolo Bininj per la costruzione di imbarcazioni e ripari. Il livello dell'acqua scende di tre metri tra la stagione umida e quella secca, esponendo distese fangose colonizzate da jacana crestata e aironi bianchi. Gli operatori turistici navigano con imbarcazioni a basso pescaggio attraverso billabong coperti di ninfee, facendo sosta nei punti in cui i coccodrilli regolano la temperatura corporea sulle rive esposte. L'interpretazione si concentra sul comportamento dei predatori, sull'idrologia delle zone umide e sul ruolo ecologico dei rettili predatori nel ciclo dei nutrienti.
Gli itinerari della crociera nelle zone umide del Mary River da Darwin combinano solitamente l'esplorazione fluviale con soste terrestri presso la Fogg Dam Conservation Reserve o il centro visitatori Window on the Wetlands, entrambi dotati di piattaforme sopraelevate rispetto alla volta della pianura alluvionale. La durata delle crociere varia da partenze rapide di due ore a combinazioni di un'intera giornata che collegano le cascate del Litchfield e gli affluenti dell'Adelaide River. La variazione stagionale determina la visibilità della fauna: i mesi della stagione secca comprimono la fauna attorno alle fonti d'acqua che si restringono, mentre la dispersione durante la stagione delle piogge riduce la densità degli incontri ma mette in mostra la scala idrologica della pianura alluvionale.
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